החברות באיגוד מותנית בחברות בהר"י, למעט חברי חוץ. בחברה 4 סוגי חברויות: חבר מן המניין, חבר שלא מן המניין, חבר חוץ וחבר כבוד.
- כחבר מן המניין: יוכלו להתקבל רק רופאים חברי הר"י בעלי תואר מומחה בנוירולוגיה של הילד, ורק אלו יוכלו לבחור או להיבחר למוסדות האיגוד.
- כחבר שלא מן המניין: יוכלו להתקבל רק רופאים חברי הר"י המתמחים באותו ענף, או שיש להם עניין בענף. חברים שלא מן המניין יוכלו להינות מכל הזכויות כחברים מן המניין, להוציא הזכות לבחור או להיבחר למוסדות האיגוד.
- חבר חוץ: רופא המוכר על ידי איגוד מקצועי מוכר בארץ מגוריו ומבקש להיות חבר באיגוד. כמו כן, חבר מן המניין שייעדר מהארץ לתקופה של יותר משנתיים ומבקש להיות חבר חוץ באיגוד.
- חבר כבוד: חבר אשר האיגוד מבקש להעניק לו הוקרה עקב תרומתו המיוחדת למקצוע. חברות כבוד תוענק על ידי ועד האיגוד ברוב של לפחות שני שליש מחברי הוועד.